学部・大学院
- 文学部・文学研究科（ 組織図 、 役割分担 ）
- 教育学部・教育学研究科（ 組織図 、 役割分担 ）
- 法学部・法学研究科（ 組織図 、 役割分担 ）
- 経済学部・経済学研究科（ 組織図、役割分担）
- 理学部・理学研究科（ 組織図 、 役割分担 ）
- 医学部・医学研究科（ 組織図 、 役割分担 ）
- 薬学部・薬学研究科（ 組織図 、 役割分担 ）
- 工学部・工学研究科（ 組織図 、 役割分担 ）
- 農学部・農学研究科（ 組織図 、 役割分担 ）
- 総合人間学部・人間・環境学研究科（ 組織図 、 役割分担 ）
- エネルギー科学研究科（ 組織図 、 役割分担 ）
- アジア・アフリカ地域研究研究科（ 組織図 、 役割分担 ）
- 情報学研究科（ 組織図 、 役割分担 ）
- 生命科学研究科（ 組織図 、 役割分担）
- 総合生存学館（ 組織図 、 役割分担）
- 地球環境学堂・学舎（ 組織図、役割分担 ）
- 公共政策大学院（ 組織図、役割分担 ）
- 経営管理大学院（ 組織図 、 役割分担 ）
研究所
- 化学研究所（ 組織図、役割分担 ）
- 人文科学研究所（ 組織図、役割分担 ）
- 医生物学研究所（ 組織図 、 役割分担 ）
- エネルギー理工学研究所（ 組織図 、 役割分担 ）
- 生存圏研究所（ 組織図 、 役割分担 ）
- 防災研究所（ 組織図 、 役割分担 ）
- 基礎物理学研究所（ 組織図 、 役割分担 ）
- 経済研究所（ 組織図 、 役割分担 ）
- 数理解析研究所（ 組織図 、 役割分担 ）
- 複合原子力科学研究所（ 組織図 、 役割分担 ）
- 東南アジア地域研究研究所（ 組織図 、 役割分担 ）
- iPS細胞研究所（ 組織図 、 役割分担 ）
教育研究施設等
- 学術情報メディアセンター（ 組織図、役割分担 ）
- 生態学研究センター（ 組織図、役割分担 ）
- 野生動物研究センター（ 組織図、役割分担 ）
- 総合博物館（ 組織図、役割分担 ）
- フィールド科学教育研究センター（ 組織図 、 役割分担 ）
- 福井謙一記念研究センター（ 組織図、役割分担 ）
- ヒト行動進化研究センター（ 組織図、役割分担 ）
- 人と社会の未来研究院（ 組織図 、 役割分担 ）
- 学生総合支援機構（ 組織図 、 役割分担 ）
- 大学文書館（ 組織図 、 役割分担 ）
- アフリカ地域研究資料センター（ 組織図 、 役割分担 ）
- 白眉センター（ 組織図、役割分担 ）
- 学際融合教育研究推進センター（ 組織図、役割分担 ）
- 国際高等教育院（ 組織図 、 役割分担 ）
- 大学院教育支援機構（ 組織図、役割分担 ）
- 環境安全保健機構（ 組織図 、 役割分担 ）
- 情報環境機構（ 組織図、役割分担 ）
- 図書館機構（ 組織図、役割分担 ）
- 成長戦略本部（ 組織図、役割分担 ）
- 附属図書館（ 組織図、役割分担 ）
- 高等研究院（ 組織図 、 役割分担 ）
- 学術研究展開センター（ 組織図、 役割分担 ）