（1） 学部・大学院
- 文学部・文学研究科
- 教育学部・教育学研究科
- 法学部・法学研究科
- 経済学部・経済学研究科
- 理学部・理学研究科
- 医学部・医学研究科
- 薬学部・薬学研究科
- 工学部・工学研究科
- 農学部・農学研究科
- 総合人間学部・人間・環境学研究科
- エネルギー科学研究科
- アジア・アフリカ地域研究研究科
- 情報学研究科
- 生命科学研究科
- 総合生存学館（思修館）
- 地球環境学堂・学舎
- 法科大学院
- 公共政策大学院
- 経営管理大学院
（2） 研究所
- 化学研究所
- 人文科学研究所
- 医生物学研究所
- エネルギー理工学研究所
- 生存圏研究所
- 防災研究所
- 基礎物理学研究所
- 経済研究所
- 数理解析研究所
- 複合原子力科学研究所
- 東南アジア地域研究研究所
- iPS細胞研究所