学部を卒業した後、学部教育で身に付けた知識や教養、技術を寄り深めることを希望するならば、大学院進学を選ぶことになるでしょう。大学院とは、次世代を担う研究者あるいは高度な知識と技能を持った実務者を養成する課程です。したがって、学部教育よりもさらに専門的な知識を身につけ、自分自身で研究を行う能力や専門的な実務能力を養うことになります。
京都大学には次の3つの種類の大学院があります。以下で簡単に紹介しますが、詳細については「各研究科のHP、カリキュラム、コースツリー一覧」 をご覧ください。
学部を持つ大学院
京都大学の10 の学部は、それぞれが研究科を備えています。総合人間学部と統合した人間・環境学研究科、文学研究科、教育学研究科、法学研究科、経済学研究科、理学研究科、医学研究科、薬学研究科、工学研究科、農学研究科の10の研究科で、それぞれが、学士課程（学部）の教育と連続した、高度な研究と教育をおこなっています。
独立研究科
京都大学には学部を持たない大学院課程、すなわち独立研究科が6つあります。エネルギー科学研究科、アジア・アフリカ地域研究研究科、情報学研究科、生命科学研究科、総合生存学館、地球環境学舎がそれにあたります。いずれの研究科においても多様な学部の卒業生を受け入れ、複合的学域の創出・深化に携わる研究者や実務家の養成を主眼にした大学院教育の体系化をめざしています。
専門職大学院
研究者養成に主眼をおいていた従来の修士課程とは異なり、高度で専門的な職業能力をもった実務家を養成するための、新しい形の大学院です。現場で活躍する各分野のスペシャリスト等も専任教員として招き、現場の複雑な問題を解決するための知識と技能の獲得をめざした教育をおこなっています。法学研究科法曹養成専攻（法科大学院）、医学研究科社会健康医学系専攻、公共政策教育部公共政策専攻（公共政策大学院）、経営管理教育部経営管理専攻（経営管理大学院）がこれにあたります。