運営方針会議
運営方針会議は、中期目標・中期計画および予算・決算に関する事項（運営方針事項）について決議するとともに、決議した内容に基づいて適切に法人の運営が行われているかどうかについて監督します。
役員会
役員会は、重要な組織の設置・廃止及び変更に関する事項、その他重要な規則の制定・改廃に関する事項などを審議します。
経営協議会
経営協議会は、法人の経営に関する重要事項について審議します。
教育研究評議会
教育研究評議会は、京都大学の教育研究に関する重要事項を審議します。
部局長会議
部局長会議は、京都大学の経営及び教育研究を円滑に行うために必要な連絡、調整及び協議を行います。
このほか、研究科長部会、総長選考・監察会議などがあります。