2012年9月30日まで
2012年4月1日から
| 総長 | 松本 紘 |
| 理事 | 赤松 明彦 |
| 理事 | 淡路 敏之 |
| 理事 | 江﨑 信芳 |
| 理事 | 大西 有三 |
| 理事 | 塩田 浩平 |
| 理事 | 西阪 昇 |
| 理事 | 吉川 潔 |
| 文学研究科長 | 服部 良久 | 工学研究科長 | 北野 正雄 |
| 文学研究科 | 川添 信介 | 工学研究科 | 白井 泰治 |
| 文学研究科 | 吉田 和彦 | 工学研究科 | 吉﨑 武尚 |
| 教育学研究科長 | 前平 泰志 | 農学研究科長 | 遠藤 隆 |
| 教育学研究科 | 子安 增生 | 農学研究科 | 宮川 恒 |
| 教育学研究科 | 皆藤 章 | 農学研究科 | 縄田 栄治 |
| 法学研究科長 | 村中 孝史 | 人間・環境学研究科長 | 冨田 恭彦 |
| 法学研究科 | 木南 敦 | 人間・環境学研究科 | 杉万 俊夫 |
| 法学研究科 | 酒巻 匡 | 人間・環境学研究科 | 宮本 嘉久 |
| 経済学研究科長 | 植田 和弘 | エネルギー科学研究科長 | 宅田 裕彦 |
| 経済学研究科 | 宇仁 宏幸 | エネルギー科学研究科 | 前川 孝 |
| 経済学研究科 | 文 世一 | アジア・アフリカ地域研究研究科長 | 梶 茂樹 |
| 理学研究科長 | 山極 壽一 | アジア・アフリカ地域研究研究科 | 岩田 明久 |
| 理学研究科 | 平島 崇男 | 情報学研究科長 | 佐藤 亨 |
| 理学研究科 | 有賀 哲也 | 情報学研究科 | 石田 亨 |
| 医学研究科長 | 湊 長博 | 生命科学研究科長 | 米原 伸 |
| 医学研究科 | 三嶋 理晃 | 生命科学研究科 | 石川 冬木 |
| 医学研究科 | 坂田 隆造 | 地球環境学堂長 | 藤井 滋穂 |
| 薬学研究科長 | 佐治 英郎 | 地球環境学堂 | 舟川 晋也 |
| 薬学研究科 | 高倉 喜信 | 公共政策連携研究部長 | 岡田 知弘 |
| 薬学研究科 | 竹本 佳司 | 経営管理研究部長 | 徳賀 芳弘 |
| 化学研究所長 | 佐藤 直樹 | 原子炉実験所長 | 森山 裕丈 |
| 人文科学研究所長 | 岩井 茂樹 | 霊長類研究所長 | 平井 啓久 |
| 再生医科学研究所長 | 岩田 博夫 | 東南アジア研究所長 | 清水 展 |
| エネルギー理工学研究所長 | 尾形 幸生 | 高等教育研究開発推進センター長 | 大塚 雄作 |
| 生存圏研究所長 | 津田 敏隆 | フィールド科学教育研究センター長 | 柴田 昌三 |
| 防災研究所長 | 中島 正愛 | 生態学研究センター長 | 椿 宜高 |
| 基礎物理学研究所長 | 九後 太一 | 学術情報メディアセンター長 | 中島 浩 |
| ウイルス研究所長 | 松岡 雅雄 | 地域研究統合情報センター長 | 林 行夫 |
| 経済研究所長 | 溝端佐登史 | こころの未来研究センター長 | 吉川 左紀子 |
| 数理解析研究所長 | 森 重文 | 附属図書館長 | 林 信夫 |
| iPS細胞研究所長 | 山中 伸弥 |