2014年9月30日まで
2014年4月1日から
| 総長 | 松本 紘 |
| 理事 | 赤松 明彦 |
| 理事 | 淡路 敏之 |
| 理事 | 江﨑 信芳 |
| 理事 | 小寺 秀俊 |
| 理事 | 西阪 昇 |
| 理事 | 三嶋 理晃 |
| 理事 | 吉川 潔 |
| 文学研究科長 | 川添 信介 | 工学研究科長 | 伊藤 紳三郎 |
| 文学研究科 | 吉田 和彦 | 工学研究科 | 北村 隆行 |
| 文学研究科 | 平田 昌司 | 工学研究科 | 吉﨑 武尚 |
| 教育学研究科長 | 子安 增生 | 農学研究科長 | 宮川 恒 |
| 教育学研究科 | 桑原 知子 | 農学研究科 | 縄田 栄治 |
| 教育学研究科 | 皆藤 章 | 農学研究科 | 天野 洋 |
| 法学研究科長 | 山本 克己 | 人間・環境学研究科長 | 杉万 俊夫 |
| 法学研究科 | 松岡 久和 | 人間・環境学研究科 | 田村 類 |
| 法学研究科 | 洲崎 博史 | 人間・環境学研究科 | 高橋 由典 |
| 経済学研究科長 | 岩本 武和 | エネルギー科学研究科長 | 塩路 昌宏 |
| 経済学研究科 | 武石 彰 | エネルギー科学研究科 | 石原 慶一 |
| 経済学研究科 | 江上 雅彦 | アジア・アフリカ地域研究研究科長 | 小杉 泰 |
| 理学研究科長 | 有賀 哲也 | アジア・アフリカ地域研究研究科 | 太田 至 |
| 理学研究科 | 國府 寛司 | 情報学研究科長 | 佐藤 亨 |
| 理学研究科 | 平野 丈夫 | 情報学研究科 | 田中 利幸 |
| 医学研究科長 | 湊 長博 | 生命科学研究科長 | 石川 冬木 |
| 医学研究科 | 坂田 隆造 | 生命科学研究科 | 佐藤 文彦 |
| 医学研究科 | 長田 重一 | 総合生存学館長 | 川井 秀一 |
| 薬学研究科長 | 髙倉 喜信 | 総合生存学館 | 光山 正雄 |
| 薬学研究科 | 竹本 佳司 | 地球環境学堂長 | 藤井 滋穂 |
| 薬学研究科 | 中山 和久 | 地球環境学堂 | 舟川 晋也 |
| 公共政策連携研究部長 | 新川 敏光 | 原子炉実験所長 | 森山 裕丈 |
| 経営管理研究部長 | 河野 広隆 | 霊長類研究所長 | 平井 啓久 |
| 化学研究所長 | 佐藤 直樹 | 東南アジア研究所長 | 河野 泰之 |
| 人文科学研究所長 | 山室 信一 | 高等教育研究開発推進センター長 | 飯吉 透 |
| 再生医科学研究所長 | 岩田 博夫 | フィールド科学教育研究センター長 | 吉岡 崇仁 |
| エネルギー理工学研究所長 | 岸本 泰明 | 生態学研究センター長 | 中野 伸一 |
| 生存圏研究所長 | 津田 敏隆 | 学術情報メディアセンター長 | 岡部 寿男 |
| 防災研究所長 | 大志万 直人 | 地域研究統合情報センター長 | 原 正一郎 |
| 基礎物理学研究所長 | 佐々木 節 | こころの未来研究センター長 | 吉川 左紀子 |
| ウイルス研究所長 | 小柳 義夫 | 附属図書館長 | 引原 隆士 |
| 経済研究所長 | 溝端 佐登史 | ||
| 数理解析研究所長 | 向井 茂 | ||
| iPS細胞研究所長 | 山中 伸弥 |