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2017年4月1日から
| 総長 | 山極 壽一 |
| 理事 | 阿曽沼 慎司 |
| 理事 | 稲葉 カヨ |
| 理事 | 川添 信介 |
| 理事 | 北野 正雄 |
| 理事 | 佐藤 直樹 |
| 理事 | 湊 長博 |
| 理事 | 森田 正信 |
| 文学研究科長 | 平田 昌司 | 工学研究科長 | 北村 隆行 |
| 文学研究科 | 南川 高志 | 工学研究科 | 大嶋 正裕 |
| 文学研究科 | 水谷 雅彦 | 工学研究科 | 椹木 哲夫 |
| 教育学研究科長 | 稲垣 恭子 | 農学研究科長 | 縄田 栄治 |
| 教育学研究科 | 楠見 孝 | 農学研究科 | 裏出 令子 |
| 教育学研究科 | 矢野 智司 | 農学研究科 | 村上 章 |
| 法学研究科長 | 洲崎 博史 | 人間・環境学研究科長 | 杉山 雅人 |
| 法学研究科 | 山本 敬三 | 人間・環境学研究科 | 宮本 嘉久 |
| 法学研究科 | 淺田 正彦 | 人間・環境学研究科 | 小山 静子 |
| 経済学研究科長 | 文 世一 | エネルギー科学研究科長 | 石原 慶一 |
| 経済学研究科 | 椙山 泰生 | エネルギー科学研究科 | 平藤 哲司 |
| 経済学研究科 | 黒澤 隆文 | アジア・アフリカ地域研究研究科長 | 太田 至 |
| 理学研究科長 | 平野 丈夫 | アジア・アフリカ地域研究研究科 | 玉田 芳史 |
| 理学研究科 | 畑 浩之 | 情報学研究科長 | 山本 章博 |
| 理学研究科 | 平島 崇男 | 情報学研究科 | 木上 淳 |
| 医学研究科長 | 上本 伸二 | 生命科学研究科長 | 垣塚 彰 |
| 医学研究科 | 玉木 敬二 | 生命科学研究科 | 佐藤 文彦 |
| 医学研究科 | 稲垣 暢也 | 総合生存学館長 | 寶 馨 |
| 薬学研究科長 | 中山 和久 | 総合生存学館 | 池田 裕一 |
| 薬学研究科 | 金子 周司 | 地球環境学堂長 | 舟川 晋也 |
| 薬学研究科 | 加藤 博章 | 地球環境学堂 | 勝見 武 |
| 公共政策連携研究部長 | 中西 寛 | 原子炉実験所長 | 川端 祐司 |
| 経営管理研究部長 | 若林 靖永 | 霊長類研究所長 | 湯本 貴和 |
| 化学研究所長 | 時任 宣博 | 東南アジア地域研究研究所長 | 河野 泰之 |
| 人文科学研究所長 | 高木 博志 | フィールド科学教育研究センター長 | 山下 洋 |
| ウイルス・再生医科学研究所長 | 開 祐司 | 生態学研究センター長 | 中野 伸一 |
| エネルギー理工学研究所長 | 岸本 泰明 | 学術情報メディアセンター長 | 中村 裕一 |
| 生存圏研究所長 | 渡邊 隆司 | こころの未来研究センター長 | 吉川 左紀子 |
| 防災研究所長 | 中川 一 | 国際高等教育院長 | 村中 孝史 |
| 基礎物理学研究所長 | 青木 愼也 | 附属図書館長 | 引原 隆士 |
| 経済研究所長 | 溝端 佐登史 | | |
| 数理解析研究所長 | 山田 道夫 | | |
| iPS細胞研究所長 | 山中 伸弥 | | |
