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2016年4月1日から
| 総長 | 山極 壽一 |
| 理事 | 阿曽沼 慎司 |
| 理事 | 稲葉 カヨ |
| 理事 | 川添 信介 |
| 理事 | 北野 正雄 |
| 理事 | 佐藤 直樹 |
| 理事 | 清木 孝悦 |
| 理事 | 湊 長博 |
| 文学研究科長 | 平田 昌司 | 工学研究科長 | 北村 隆行 |
| 文学研究科 | 南川 高志 | 工学研究科 | 大津 宏康 |
| 文学研究科 | 水谷 雅彦 | 工学研究科 | 大嶋 正裕 |
| 教育学研究科長 | 高見 茂 | 農学研究科長 | 宮川 恒 |
| 教育学研究科 | 桑原 知子 | 農学研究科 | 縄田 栄治 |
| 教育学研究科 | 稲垣 恭子 | 農学研究科 | 裏出 令子 |
| 法学研究科長 | 潮見 佳男 | 人間・環境学研究科長 | 杉山 雅人 |
| 法学研究科 | 川濱 昇 | 人間・環境学研究科 | 宮本 嘉久 |
| 法学研究科 | 山本 敬三 | 人間・環境学研究科 | 小島 泰雄 |
| 経済学研究科長 | 文 世一 | エネルギー科学研究科長 | 塩路 昌宏 |
| 経済学研究科 | 依田 高典 | エネルギー科学研究科 | 平藤 哲司 |
| 経済学研究科 | 椙山 泰生 | アジア・アフリカ地域研究研究科長 | 太田 至 |
| 理学研究科長 | 森脇 淳 | アジア・アフリカ地域研究研究科 | 玉田 芳史 |
| 理学研究科 | 余田 成男 | 情報学研究科長 | 山本 章博 |
| 理学研究科 | 畑 浩之 | 情報学研究科 | 木上 淳 |
| 医学研究科長 | 上本 伸二 | 生命科学研究科長 | 石川 冬木 |
| 医学研究科 | 玉木 敬二 | 生命科学研究科 | 佐藤 文彦 |
| 医学研究科 | 稲垣 暢也 | 総合生存学館長 | 川井 秀一 |
| 薬学研究科長 | 中山 和久 | 総合生存学館 | 池田 裕一 |
| 薬学研究科 | 金子 周司 | 地球環境学堂長 | 舟川 晋也 |
| 薬学研究科 | 加藤 博章 | 地球環境学堂 | 勝見 武 |
| 公共政策連携研究部長 | 中西 寛 | 原子炉実験所長 | 川端 祐司 |
| 経営管理研究部長 | 若林 靖永 | 霊長類研究所長 | 湯本 貴和 |
| 化学研究所長 | 時任 宣博 | 東南アジア研究所長 | 河野 泰之 |
| 人文科学研究所長 | 井波 陵一 | フィールド科学教育研究センター長 | 吉岡 崇仁 |
| 再生医科学研究所長 | 開 祐司 | 生態学研究センター長 | 中野 伸一 |
| エネルギー理工学研究所長 | 水内 亨 | 学術情報メディアセンター長 | 中村 裕一 |
| 生存圏研究所長 | 渡邊 隆司 | 地域研究統合情報センター長 | 原 正一郎 |
| 防災研究所長 | 寶 馨 | こころの未来研究センター長 | 吉川 左紀子 |
| 基礎物理学研究所長 | 佐々木 節 | 附属図書館長 | 引原 隆士 |
| ウイルス研究所長 | 小柳 義夫 | | |
| 経済研究所長 | 岡田 章 | | |
| 数理解析研究所長 | 向井 茂 | | |
| iPS細胞研究所長 | 山中 伸弥 | | |
