2014年3月31日まで
附置研究所
化学研究所長 | 人文科学研究所長 | ||
 | 佐藤 直樹（さとう なおき） 平成24年4月1日から 平成26年3月31日まで |  | 山室 信一（やまむろ しんいち） 平成25年4月1日から 平成27年3月31日まで |
再生医科学研究所長 | エネルギー理工学研究所長 | ||
 | 岩田 博夫（いわた ひろお） 平成25年4月1日から 平成27年3月31日まで |  | 岸本 泰明（きしもと やすあき） 平成25年4月1日から 平成27年3月31日まで |
生存圏研究所長 | 防災研究所長 | ||
 | 津田 敏隆（つだ としたか） 平成24年4月1日から 平成26年3月31日まで |  | 大志万 直人（おおしまん なおと） 平成25年4月1日から 平成27年3月31日まで |
基礎物理学研究所長 | ウイルス研究所長 | ||
 | 佐々木 節（ささき みさお） 平成25年4月1日から 平成27年3月31日まで |  | 松岡 雅雄（まつおか まさお） 平成24年4月1日から 平成26年3月31日まで |
経済研究所長 | 数理解析研究所長 | ||
 | 溝端 佐登史（みぞばた さとし） 平成24年4月1日から 平成26年3月31日まで |  | 森 重文（もり しげふみ） 平成25年4月1日から 平成26年3月31日まで |
原子炉実験所長 | 霊長類研究所長 | ||
 | 森山 裕丈（もりやま ひろたけ） 平成25年4月1日から 平成27年3月31日まで |  | 平井 啓久（ひらい ひろひさ） 平成24年4月1日から 平成26年3月31日まで |
東南アジア研究所長 | iPS細胞研究所長 | ||
 | 清水 展（しみず ひろむ） 平成24年4月1日から 平成26年3月31日まで |  | 山中 伸弥（やまなか しんや） 平成24年4月1日から 平成26年3月31日まで |